Zur Vorbereitung auf die Aufstellung des Bewirtschaftungsplans bzw. des Maßnahmenprogramms wurden in Hessen von Mitte 2005 bis Ende 2006 verschiedene Pilotprojekte durchgeführt. Ein Ziel war die Erprobung verschiedener Arbeitsschritte/ - felder. Dabei lagen in den einzelnen Pilotgebieten unterschiedliche Problembereiche vor.

In einer Informationsveranstaltung am 09. Juni 2005 im Umweltministerium wurden für Behörden und den landesweiten Beirat die geplanten Pilotprojekte (PP) vorgestellt. Dabei handelte es sich um das PP Lahn, das PP Emsbach, das PP Fulda-Eder-Schwalm, das PP Werra und das PP Modau mit jeweils unterschiedlichen wasserwirtschaftlichen Problemen. Hierbei wurden die Ergebnisse aus der Bestandsaufnahme und den ersten WRRL – Überwachungen herangezogen. Die Wirksamkeit und Kosten der möglichen Maßnahmen wurden untersucht, um die beste und kostengünstigste Lösung für das jeweilige Gebiet und Problem zu finden.  Nach Abschluss der Pilotprojekte wurden deren Ergebnisse in einer ersten Informationsveranstaltung am 12. März 2007 im Umweltministerium Behörden vorgestellt.