Die überblicksweise Überwachung wird an einer ausreichenden Zahl an Wasserkörpern durchgeführt und gibt einen umfassenden Überblick über die Gewässerqualität. Bei der operativen Überwachung beschränkt man sich auf die Gewässer, welche in den Bestandsaufnahmen mit der Zielerreichung „unwahrscheinlich“ oder „unklar“ eingestuft wurden.
Die Monitoringprogramme waren in den Jahren 2004 bis einschließlich 2006 durchzuführen.
Die Ergebnisse wurden in die Entwürfe der Bewirtschaftungspläne aufgenommen. So wurde die Öffentlichkeit über die Ergebnisse der Überwachung informiert und auch in den weiteren Planungsprozess einbezogen.

Ziel der Monitoringprogramme ist, einen schlüssigen Überblick über den Zustand der Gewässer eines jeden Flusseinzugsgebiets zu bekommen. Gleichzeitig müssen anhand der Monitoringprogramme alle Wasserkörper in eine der fünf Zustandsklassen eingestuft werden können. Die Überwachungsprogrammen bezogen sich auf

- Oberflächengewässer (insbes. biologische, chemische und
   physikalische Parameter),

- Grundwasser (chemische Parameter und Menge) und

- Schutzgebiete.